- 3.01 "Into The Fire" (No fogo)
Diretor: Martin Wood
Escritor: Brad Wright
Planeta: Base de Hathor, Chulak, P3X-254
(Continuação do episódio nº 2.22 "Enlouquecido", da 2ª temporada/Continua no episódio nº 3.03 "Jogo justo".)
O Coronel Makepeace retorna de P3X-254 com informações dos tok'ra sobre o SG-1. O'Neill se torna goa'uld, mas uma espiã dos tok'ra o salva através de criogenia, e acaba atingida por Hathor que a descobre. Na Terra, o General Hammond envia uma tropa para o resgate do SG-1. Teal'c se está tentando organizar um exército de jaffas para o resgate o SG-1, mas obtém pouco sucesso. Na base de Hathor, a força invasora do Coronel Makepeace falha e tem sua retirada impedida pelo controle dos goa'uld sobre o portal. O General Hammond atravessa o portal e se une a Teal'c e Bra'tac no seu exército. Juntos eles salvam a todos, capturando vários jaffas e causando a morte de Hathor. O'Neill escapa da fusão com o parasita.
- 3.02 "Seth" (Seth)
Diretor: William Corcoran
Escritor: Jonathan Glassner
Planeta: Terra
Um goa’uld vive na Terra desde os tempos de Rá, a mais de cinco mil anos. Ele foge dos 'Senhores do Sistema', que é como os líderes goa'uld são chamados. Mas ele também é caçado pelos tok'ra, que enviam o General Carter, pai de Samantha, para a Terra, com a missão de caçar e destruir o fugitivo. Daniel descobre que ele se esconde sob uma cortina de falsa religião, e utiliza da tecnologia de seu povo para manter a obediência sobre os devotos. O SG-1 consegue penetrar o reduto de Seth e, utilizando-se de um sistema de choque elétrico eles pretendem quebrar a dominação do goa'uld e resgatar os devotos que o servem. Mas Seth pressente o naquadah existente no corpo de Carter e ordena suas mortes. Mas Teal'c aciona o equipamento e os desperta do controle de Seth.
- 3.03 "Fair Game" (Jogo justo)
Diretor: Martin Wood
Escritor: Robert C. Cooper
Planeta: Terra
(Esta história tem referências em todos os episódios que mencionam o povo Asgard, começando pelo episódio nº 1.09 "O martelo de Thor", da 1ª temporada e, particularmente no episódio nº 3.01 "No fogo".)
O SGC está em festa, o Secretário da Defesa dos Estados Unidos está fazendo uma visita e faz os maiores elogios ao trabalho exercido pelo pessoal do Projeto Stargate, de surpresa Carter recebe uma promoção ao posto de Major da Força Aérea, e quando O'Neill está começando seu discurso... Ele desaparece... Reaparecendo à bordo de uma nave do povo de Asgard, e da janela ele consegue ver que estão em órbita da Terra. Um alienígena aparece e se apresenta como Thor. Ele explica que a morte de Hathor, provocou uma reação violenta por parte dos 'Senhores do Sistema', e eles estão se preparando para um ataque de dezenas de naves goa'uld para a destruição da Terra. Mas que ele espera que os líderes goa'uld aceitem um acordo para que a Terra possa fazer parte do protetorado de Asgard. Ele informa também que o povo de Asgard não tem recursos disponíveis no momento para defender a Terra devido a eles estarem em conflito com um povo muito superior aos goa'uld, dos quais ele não tem permissão para falar. Os representantes dos goa'uld, Chronos, Niirti e Yu, chegam à Terra e exigem que para o acordo ser celebrado, os dois portais devem ser confiscados pelos asgardianos.
- 3.04 "Legacy" (O legado)
Diretor: Peter DeLuise
Escritor: Tor Alexander Valenza
Planeta: Planeta dos Linvris e Terra
(Está história é continuação do episódio nº 2.17 "Feriado", da 2ª temporada.)
Ao chegarem ao uma base goa'uld, de aspecto incomum, eles descobrem os nove membros de uma ordem menor, chamada Linvris, mortos de forma misteriosa. Ao examinar uma placa de leitura, Daniel tem uma sensação de algo fantasmagórico, e apartir daí começa a ter alucinações auditivas e visuais de fantasmas. Ele termina por ser declarado esquisofrênico e acaba internado em uma sala de segurança. Mas Daniel infecta Teal'c que cai doente, aparentemente da mesma doença que matou os Linvris.
- 3.05 "Learning Curve" (A curva do aprendizado)
Diretor: Martin Wood
Escritor: Heather E. Ash
Planeta: Orban
O pessoal do SG-1 está em uma missão de investigação social, tecnológica e arqueológica a uma cultura de origem inca. Mas existem aspectos estranhos no que se refere às crianças. Elas aparentemente são muito mais adultas que os próprios adultos, e parecem ter muito mais conhecimento. Porém nunca brincam ou se divertem, apenas trabalham e absorvem o máximo de conhecimento possível sobre um único aspecto. Mas o mais estranho é que de repente elas desaparecem logo após um estranho ritual a que se submetem voluntariamente. Mas O'Neill descobre que na realidade elas perdem todos os conhecimentos até então adquiridos e passam a viver vegetativamente, sem capacidade de novos aprendizados.
- 3.06 "Point Of View" (Ponto de vista)
Diretor: Peter DeLuise
História: Robert C. Cooper, Jonathan Glassner, Tor Alexander Valenza e Brad Wright
Roteiro: Jonathan Glassner e Brad Wright
Planeta: Terra e Terra do universo alternativo
(Esta história é continuação do episódio nº 1.19 "Terminou, graças a Deus!" da 1ª temporada.)
Samantha Carter e o Major Kawalsky atravessam do mundo paralelo descoberto por Daniel para o nosso, trazendo a notícia de que o mundo deles está à beira da destruição, atacado por Apophis. Mas Daniel encontra uma solução. No mundo paralelo, a diferença principal é que eles nunca contactaram o povo asgard. E eles refazem todo o trabalho de O'Neill, para enviar a Sam 'paralela' até a Asgard 'paralela'.
- 3.07 "Dead Man`s Switch" (Mais uma troca)
Diretor: Martin Wood
Escritor: Robert C. Cooper
Planeta: desconhecido
Ao explorar um planeta, os membros do SG-1 são capturados em uma armadilha de campo de força. Mas a armadilha não foi feita por um goa'uld, e sim por um caçador de recompensas, conhecido como Aris Boch. Ele e sua espécie foram escravizados pelos goa'uld através de uma droga que deve ser adicionada à água, ou eles morrem. Desta forma eles trabalham para os 'Senhores do Sistema', em troca da substância que os viciou e os mantém vivos. Mas na verdade ele quer que os membros do SG-1 o ajude a capturar um goa'uld que escapou de Sokhar. Mas O'Neill descobre que o fugitivo não é um goa'uld, mas um espião tok'ra, chamado Korra. E agora eles devem tentar impedir que Sokhar ponha as mãos em Korra, ou toda a operação dos tok'ra ficará desprotegida.
- 3.08 "Demons" (Demônios)
Diretor: Peter DeLuise
Escritor: Carl Binder
Planeta: P9X-3971
(Esta história é tem referência no episódio nº 1.09 "O martelo de Thor", da 1ª temporada.)
Ao chegarem ao planeta P9X-3971, O'Neill logo vê uma construção que se parece com uma igreja ou catedral católica. Mas isto só poderia significar que algum goa'uld tinha se passado pelo deus cristão. Em contato com os moradores locais, eles aos poucos entendem que o deus em questão não era o criador, mas o que se proclamava como o Diabo. Na verdade um horrível unas que exigia uma cota constante de corpos humanos para enviar ao seu amo. A vila é controlada por uma espécie de cônego, que parece ter um acordo com o demônio, e inclusive usa-se de um dispositivo goa'uld para manter o seu poder sobre a população. E através deste dispositivo ele captura o SG-1, e acusa Teal'c de estar possuído pelo demônio, afogando-o em seguida.
- 3.09 "Rules Of Engagement" (Regras de combate)
Diretor: William Gereghty
Escritor: Terry Curtis Fox
Planeta: P89-534
(Esta história tem referência no episódio nº 2.18 "A canção da serpente" da 2ª temporada.)
O SG-1 ao chegar a um campo de batalha encontra uma unidade SG em confronto com um grupo de jaffas. Ao tentar ajudar eles são atingidos pelos próprios membros do SG. Horas mais tarde eles acordam no acampamento e não teem ferimentos. Um soldado diz que eles não podem falar pois são baixas de manobras. Mas Teal'c os identifica como sendo todos jaffas em treinamento e assume o comando. Eles descobrem que aquele campo era uma tática de Apophis para infiltrar jaffas altamente treinados na base terrestre e tomar o controle do SGC.
- 3.10 "Forever In A Day" (Para sempre em um dia)
Diretor: Peter DeLuise
Escritora: Jonathan Glassner
Planeta: P8X-872
(Esta história está continuada no episódio nº 3.20 "Instinto maternal".)
Daniel, durante um combate contra um exército de jaffas, a fim de salvar um grupo de abydonianos, encontra-se com Shau're/Amonet. Amonet usa uma arma em Daniel. Teal'c, para salvar Daniel, dispara em Amonet, matando-a. A partir daí, Daniel, começa a viver em um mundo onde a realidade está sempre alternando, enquanto parece que Shau're está tentando lhe enviar uma mensagem sobre o filho de Amonet com Apophis, que está escondido, e que pode ser a esperança de futuro para a sobrevivência da humanidade, já que um harcisis, o filho de dois goa'uld, teria a capacidade de reter todo o conhecimento de seus pais, sobre a tecnologia e a sociedade goa'uld.
- 3.11 "Past And Present" (Passado e presente)
Diretor: William Gereghty
Escritor: Tor Alexander Valenza
Planeta: P2Q-463 (Vyus)
(Esta história é continuação do episódio nº 2.03 "Prisioneiros" da 2ª temporada.)
Ao chegar a o planeta Vyus, o SG-1 se depara com pessoas que perderam completamente a memória, estranhamente no planeta não existe crianças ou velhos. Aos poucos eles descobrem que Linea, que eles ajudaram a fugir do planeta Hedantes, e é conhecida como a 'Detruidora de mundos'. Mas uma das pessoas no planeta deve ser Linea, mas ela também perdeu a memória, e mais ainda, ela rejuveneceu. Eles a encontram e ela os ajudam a recuperar a memória de todos e inclusive a dela própria. Mas agora ela está enfrentando a duplicidade de sua personalidade, e a única forma de tudo ficar seguro é que ela esqueça tudo novamente.
- 3.12 "Jolinar`s Memories" (As memórias de Jolinar)
Diretor: Peter DeLuise
Escritor: Sonny Wareham e Daniel Stashower
Planeta: Netu, lua de Vorash
(Esta história continua no episódio nº 3.13 "O demônio que conhecemos". E tem referência no episódio nº 2.18 "A canção da serpente" da 2ª temporada.)
Martouf dos tok'ra faz uma visita ao SGC e comunica Carter que seu pai foi capturado por Sokhar, que é o goa'uld que encarna o diabo. Mas para fugir da lua Netu, só Carter poderá ajudar, revivendo as memórias de Jolinar, a única pessoa que já escapou de Netu. Eles se dirigem ao planeta e descem sob disfarce. Quando Carter está sob a mira do governador de Netu, ele é morto por ninguém mais nem menos que Apophis...
- 3.13 "The Devil You Know" (O demônio que conhecemos)
Diretor: Peter DeLuise
Escritor: Robert C. Cooper
Planeta: Netu, lua de Vorash
(Esta história é continuação do episódio nº 3.12 "As memórias de Jolinar".)
Quando Apophis assume o controle da lua Netu, ele planeja uma revolta que o levará a tornar-se o líder do feudo de Sokhar, e para isto ele começa a torturar os membros do SG-1 para obter informações e negociar com Sokhar. Teal'c vai em busca dos tok'ra para a tentativa de resgatar os prisioneiros de Apophis. Mas os tok'ra surgem com uma nova arma que destruirá a lua, no momento em que a nave de Sokhar a estiver sobrevoando, e no processo matarão o SG-1 e os outros tok'ra.
- 3.14 "Foothold" (Base de operação)
Diretor: Andy Mikita
Escritor: Heather E. Ash
Planeta: P3R-928 e Terra
Ao retornarem de uma missão o SG-1 é posto para dormir com uma droga. Teal'c acorda antes do esperado e houve os membros do SGC conversando ao lado de alguns alienígenas. Ele consegue escapar, e ajuda Carter a sair da base para buscar ajuda com o Cel Maybourne. Mas dois alienígenas transformados em O'Neill e Daniel convencem Maybourne de que Carter está tendo ilusões paranóicas devido à contaminação por um gás venenoso. Durante a viagem de retorno Maybourne presencia a transformação de um deles e junto com Carter assumem o controle da situação. Eles retornam ao SGC e conseguem frustrar o plano inimigo. Mas não sem que alguns consigam fugir pelo portal, com muitas informações sobre a Terra. Daniel acha que descobriu a localização de Kheb em P3R-928.
- 3.15 "Pretense" (Pretexto)
Diretor: David Warry-Smith
Escritor: Katharyn Powers
Planeta: Tollana
(Esta história é continuação do episódio nº 1.16 "Enigma"; e tem referência no episódio nº 1.07 "Os nox"; ambos da 1ª temporada.)
Duas naves-mãe estão combatendo na órbita de um planeta, mas ambas são destruídas por uma rede de defesa planetária. Um caça goa'uld cai na superfície do planeta, Skaara está à bordo e pede ajuda. Pouco depois, no SGC, a passagem do portal é acionada, a íris não abre, mas um gato a atravessa, e em seguida um homem. Ele é representando dos tollan e quer que os membros do SG-1 sejam levados ao novo mundo Tollana, onde eles serão advogados na decisão de uma disputa sobre quem tem direito ao corpo de Skaara, se ele mesmo ou se o parasita Klorel. Mas os goa'uld pretendem aproveitar a situação para desabilitar a rede de defesa dos tollan.
- 3.16 "Urgo" (Urgo)
Diretor: Peters DeLuise
Escritor: Tor Alexander Valenza
Planeta: P4X-884
O SG-1 está partindo em uma nova missão a um planeta paradisíaco. Mas eles saem do portal de volta ao SGC, no exato momento em que entram. No entanto o Gen Hammond os informa que na verdade eles passaram quinze horas desaparecidos. Pouco depois eles se vêem às voltas com um fanfarrão, que só aparece para eles devido a um micro implante que eles receberam no cérebro. Agora eles querem retirar os implantes, mas não querem que o incomodo e alegre Urgo seja exterminado com isto. Já que ele é um software que atingiu a senciência.
- 3.17 "A Hundred Days" (Cem dias)
Diretor: David Warry Smith
História: V.C. James
Roteiro: Brad Wright
Planeta: P5C-768 (Edora)
Em busca de naquadah, o SG-1 chega a Edora, e negociam com os nativos, sobre a possibilidade de estabelecer uma base de mineração. Contudo, os habitantes informam aos membros do SG-1 que em alguns dias haverá uma chuva de fogo, que na realidade é o planeta atravessando um cinturão de asteróides. O'Neill fica para trás, para observar o fenômeno. Mas sua volta à Terra é cortada com o soterramento do portal. O'Neill acredita estar preso para sempre no planeta e inicia um relacionamento emocional com uma nativa.
- 3.18 "Shades Of Grey" (Nuvens sombrias)
Diretor: Martin Wood
Escritor: Jonathan Glassner
Planeta: Tollana
(Esta história serve de referência ao episódio nº 4.07 "Watergate", da 4ª temporada.)
O'Neill está revoltado com os tollan e rouba um equipamento de tecnologia avançada. Após se indispor com o Gen Hammond, ele é aconselhado a pedir reserva para não sofrer uma corte marcial. Logo após Maybourne recruta O'Neill para liderar uma operação de comando de roubo de tecnologias alienígenas. O Cel Makepeace assume o comando do SG-1. Logo na primeira missão do SG-1 e de O'Neill, ele descobre que há um espião de Maybourne dentro do SGC, e é Makepeace. Logo após O'Neill retornar ao planeta base de operações de Maybourne, uma nave asgard chega e recupera todos os equipamentos. O pessoal do SGC prende a todos e inclusive Makepeace. Tudo não passava de uma armação de O'Neill e Hammond, orquestrada pelo povo asgard e tollan, para acabar com o roubo de tecnologia alienígena.
- 3.19 "New Ground" (Novo território)
Diretor: Chris McMullin
Escritor: Heather E. Ash
Planeta: P4X-947
Utilizando um programa especial, Carter tenta acionar os endereços que não se abriram portais. Mas eles conseguem abrir um portal em um planeta dividido por uma guerra religiosa. Uma nação acredita que Nefertus, um goa'uld morto, é o deus criador do universo. a outra nação acredita que eles vieram através de um portal, de um outro planeta. Mas o portal fica no território dos que crêem em Nefertus, e a mera presença do SG-1 é uma séria ameaça a tudo o que acreditam.
- 3.20 "Maternal Instinct" (Instinto maternal)
Diretor: Peter E. Woeste
Escritor: Robert C. Cooper
Planeta: P3T-761 (Kheb)
(História tem referência nos episódios nº 3.10 "Para sempre em um dia" e 3.13 "O demônio que conhecemos", e continua no episódio nº4.17 "Poder absoluto", da 4ª temporada.)
Bra'tac atravessa o portal, carregando um jovem jaffa, seu aprendiz, ambos estão severamente feridos, e Bra'tac diz a Teal'c que foi um ataque a Chulak, e partiu de Apophis, o senhor das antigas forças de Sokhar. Daniel percebe que na verdade Apophis está atrás do harcisis. Ao falar de Kheb e Osíris, Bra'tac conta o que sabe das lendas, e aonde Osíris se refugiou antes de desaparecer. O local é proibido aos goa'uld, que o temem. Ao chegarem ao planeta, o grupo encontra uma espécie de templo, cuja filosofia, se parece com uma espécie de proto-zen-budismo. Por fim Daniel descobre toda a verdade sobre a existência do harcisis e dos seres, de forma mítica e angelical, que o protegem, contra os goa'uld.
- 3.21 "Crystal Skull" (Crânio de cristal)
Diretor: Brad Turner
História: Michael Grennburg e Jarrad Paul
Roteiro: Brad Wright
Planeta: P7X-377
O M.A.L.P. está examinando um planeta em que há uma construção piramidal de mais de um quilômetro de altura. Em seu interior existe um crânio de cristal idêntico ao encontrado pelo avô de Daniel, em Belize, a 30 anos atrás. O avô de Daniel, foi internado por loucura após afirmar que o crânio era um mecanismo de transporte para um planeta onde alienígenas gigantes viviam. Eles vão ao planeta investigar e Daniel desaparece, ficando preso em uma entrefase, após um disparo de Teal'c no crânio com uma arma Zat. Daniel passa a viver como um espectro, até que o SG-1 entra em contato com o avô dele, Nick Ballard. O avô de Daniel consegue ouvir o que Daniel fala, e desta forma eles retornam ao planeta e completam o processo. Um alienígena gigante entra em contato com eles e pede para que o velho cientísta já seu conhecido permaneça para que eles troquem conhecimentos.
- 3.22 "Nemesis" (Nêmesis)
Diretor: Martin Woods
Escritor: Robert Cooper
Planeta: P5T-984, Terra e nave de Thor, Beliskner
(Esta história é referenciada no episódio nº 3.03 "Jogo justo". Season finale. Continua no 1º episódio da 4ª temporada.)
Daniel está se recuperando de uma cirurgia de apendicite, e o resto do grupo está de férias. Mas Thor abduz O'Neill, e lhe diz que está morrendo, e que sua nave foi tomada pelo inimigo, os replicadores, insetos biomecânicos que tomam o controle das naves, absorvem as informações dos computadores e se alimentam da nave para se reproduzirem, depois descem num planeta e destroem a civilização. Eles são os piores inimigos que o povo asgard encontrou, e agora eles estão em órbita da Terra. O'Neill quer tentar destruir a nave de Thor para destruir os replicadores. Teal'c e Carter se juntam a ele, e preparam tudo, mas a única forma de eles sairem é usarem o Stargate da Terra. Eles transportam o portal para a Beliskner e o acionam. A nave é destruída, mas pelo menos um replicador sobrevive flutuando sobre um dos destroços que caiu no mar.
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