- "Dark Skies -The Awakening" (O amanhecer - piloto) (01)
John Loengard (Eric Close), um típico americano dos início dos anos 60, muda-se para Washington com sua namorada, Kimberly Sayers (Megan Ward), e passa a trabalhar no congresso americano. Durante uma inspeção à uma base militar, Loengard se depara com informações de OVNIs consideradas super-secretas pela organização secreta Majestic-12, liderada pelo Coronel Frank Bach (J. T. Walsh). Determinado a saber a verdade, Loengard termina por ser recrutado por Bach como membro do time, e junta-se a este à procura de humanos que tiveram seus cérebros dominados por um organismo alienígena.
- "Moving Targets" (Alvos móveis) (02)
Após o assassinato de Kennedy, Loengard e Kimberly descobrem a verdade sobre o primeiro encontro com alienígenas em Roswell (que resultou na fundação do Majestic) através de uma testemunha (Richard Gilliland). Mas quando o casal retorna a Washington para o funeral do presidente Kennedy, se deparam com um sinistro plano alienígena para destruir o governo mundial.
- "Mercury Rising" (Conspiração espacial)(03)
Atormentada por sonhos repetitivos de um "astronauta flutuante", Kimberly leva John ao recentemente renomeado Centro de lançamentos Cabo Kennedy, onde o casal se encontra com o astronauta Ty Yount (John Mese), que foi abduzido por alienígenas na mesma época que Kim, em 1962. Sob hipnose, Kim revive sua experiência aterrorizante e descobre que ela e Yount estiveram numa nave alienígena juntos.
- "Dark Day's Night (Dias e noites escuras) (04)
Loengard e Sayers chegam a New York há poucos dias da histórica apresentação dos Beatles no "The Ed Sullivan Show". Vão visitar um velho colega universitário, Chris Weatherly, mas descobrem que este acabou de cometer suicídio. John e Kimberly, tentando descobrir o motivo da morte do amigo, descobrem um laboratório de pesquisas que enche pessoas inocentes com mensagens subliminares inseridas em comerciais de TV. John conhece seu xará Lennon.
- "Dreamland" (Terra dos sonhos) (05)
Na primavera de 64, John e Kim, precisando de dinheiro para continuar sua cruzada, chegam em Las Vegas para tentar mudar sua sorte, mas são apanhados pelo milionário recluso Howard Hughes (Madison Mason) que os levam a uma base secreta americana, a Área 51, e os obriga a ajudarem na investigação dos ocupantes daquela base, que deveria estar sob controle do governo. Hughes não sabe que aqueles humanos são hospedeiros dos alienígenas e credita suas atividades ao movimento comunista.
- "Inhuman Nature" (Natureza desumana) (06)
Loengard e Kimberly investigam uma série de mutilações com estranhas marcas no gado do centro americano. Descobrem uma marca de possível origem alienígena em cada uma das vacas mortas que lembram as marcas que eles já haviam encontrado no campo de trigo anteriormente. Quando recrutam um veterinário local para examinar uma das vacas ainda vivas, ficam chocados ao descobrirem que o animal estava gestando um bebê aparentemente humano.
- "Acidental Future" (Futuro acidental) (07)
Enquanto investigam intrigantes histórias de nativos americanos, John e Kim se vêem no meio do grande terremoto do Alasca de 1964, que abre uma fissura revelando uma nave alienígena enterrada há milhares de anos. Ao tocar na nave, John tem uma visão do futuro: destruição e o fim da espécie humana. Toda a sua luta, agora, é no sentido de tentar evitar aquele futuro, como sendo apenas uma alternativa de futuro.
- "Hostile Convergence" (Hostil convergência) (08)
John e Kim vão a Socorro, uma cidadezinha do Novo México, onde um policial diz ter visto um disco voador. Lá se encontram com Jesse Marcel (de Roswell) que estava na cidade a pedido de seu velho amigo e colega, Clark Balfour, que esteve com ele em Roswell e que estava trabalhando agora para o governo, na Area 51. Clark está morrendo mas diz ter plantas do "disco voador" que eles vieram investigar. John e Jesse querem de qualquer maneira investigar, mas Kim acaba indo para a casa da irmã em Denver para assistir ao casamento dela.
- "We Shall Overcome" (O poder do racismo) (09)
Em plena discussão sobre os direitos civis, John e Kim vão ao Mississippi, onde descobrem que alienígenas estão utilizando igrejas e se aproveitando da população racista para ganharem poder. Ao mesmo tempo, o capitão Frank Bach usa o FBI como escudo para as operações do Majestic 12 na região, mas o diretor do FBI, J. Edgar Hoover (Wayne Tippit), acaba descobrindo a situação...
- "The Last Wave" (A última onda)(10)
Durante o verão de 64, Loengard e Sayers voltam a Los Angeles para comparecerem ao enterro de Dewey, um amigo dos tempos de colégio do casal, que morreu sob circunstâncias misteriosas. Com a ajuda de Gail e Nat, também antigos amigos, eles tentam descobrir a verdade por trás da doença que começa a afetar outros surfistas como Dewey. Recebem a ajuda de um estudante de cinema universitário, chamado Jim Morrison (Brent David), mas o máximo que consegue é ser internado no hospício pela própria família.
- "The Enemy Within" (O inimigo interior) (11)
Durante uma noite num acampamento, Ray, o irmão mais novo de Loengard, é atacado e abduzido por o uma nave alienígena que o infectam, tornam um hospedeiro. John e Kimberly, passando por muitas dificuldades financeiras, resolvem fazer uma visita aos pais de John, em busca de alguma ajuda em dinheiro. Ao chegarem eles descobrem um plano dos invasores para que os pais de John sejam transformados em hospedeiros, como seu irmão.
- "The Warren Omission" (A omissão Warren) (12)
(Introdução de uma nova personagem: a russa Juliet, interpretada por Jeri Ryan da série Jornada nas Estrelas - Voyager)
John Loengard decide contar tudo o que descobriu durante todo esse tempo sobre a invasão dos alienígenas e sobre as atividades do grupo ultra secreto Majestic 12 perante a comissão Warren, do senado americano, que investiga a morte de John F. Kennedy. John é ajudado por Bob Kennedy, que invade o Majestic em busca de evidências que comprovem existência da invasão. Mas Bach não deixa barato chantagiando Bob e obrigando-o a não revelar nada do que descobriu, deixa John em maus lençois perante a comissão.
- "White Rabbit" (O coelho branco) (13)
Sem escolha, John retorna a o grupo Majestic 12, e Bach, imediatamente, o envia ao Vietnã para "recuperar" os sobreviventes alienígenas da queda de um disco voador derrubado pela versão soviética do Majestic 12. Juliet tenta de todo modo ir com eles mas Bach não deixa. Kim seqüestra a mulher de Bach e revela a ela a verdade sobre o marido.
- "Shades Of Gray" (Sombras cinzas) (14)
Com planos de conseguir, de algum modo, dominar a organização do Majestik 12, John e Kimberly acabam por voltar a trabalharem para o Majestic 12. Com a ajuda de um artefato alienígena recuperado no Vietnã, o grupo monta um plano para capturar uma nave alienígena, recriando um círculo no trigo. A nave vem, mas a única coisa que conseguem é um alienígena ferido, que consegue escapar para uma cidade próxima. Com a ajuda de seu "sexto-sentido", Kimberly é designada para recuperar o foragido.
- "Burn, Baby, Burn" (Queime, Baby, Queime) (15)
(Nove meses se passaram desde o episódio anterior.)
Kimberly está prestes a dar à luz a um bebê de origem alienígena. Ela tem se comunicado, telepaticamente, com seu amigo alienígena, que permanece em coma, e se tornou obcecada pelo desenho de algo semelhante a um gene. Bach convence John e Kim a deixar a criança em Los Angeles sob o olhar de um médico do Majestic 12, especializado em crianças de pessoas abduzidas.
- "Both Sides Now" (Pelos dois lados agora) (16)
Os invasores são contra a guerra do Vietnã, e o Majestic 12 localiza Kim, junto com Steele, através de um filme feito num protesto contra a guerra, em Berkeley. Juliet é designada para acabar com esta operação alienígena. John decide de acompanha-lá, mesmo contra a vontade de Bach. Enquanto isso, Steele usa o filho de Kim para fazer com que ela toque a esfera de luz e assim torne-se outra vez uma hospedeira, mas Kim resiste. Bach passa a defender a guerra do Vietnã, pois desse modo triplicará os fundos do Majestic.
- "To Prey In Darkness" (Rezando para a escuridão) (17)
John e Juliet são enviados para recuperar o filme do caso Roswell, que misteriosamente desapareceu dos arquivos do Majestic 12. A procura os leva a Nova York, onde a famosa colunista Dorothy Kilgallen planeja liberar as imagens para a rede de notícias CBS. Mas os alienígenas armam um plano para causar o grande blackout da Costa Oeste, impedindo assim de terem os seus planos levados à público.
- "Strangers In The Night (Estranhos na noite) (18)
O quartel do Aura-Z (uma espécie de Majestic Russo) é fortemente atacado por humanos hospedeiros, que fazem de refém, o Coronel Miranov. Juliet e Loengard são enviados numa missão para tentarem o resgate do Coronel Miranov, que possui importantes informações de combate contra os alienígenas. Mas ao chegarem ao local eles não sabem realmente em quem poderão confiar, visto que todos ou nenhum dos que escaparam podem estar sob controle dos invasores.
- "Bloodlines (Linhas de sangue) (19)
(Último episódio da série)
Loengard e Juliet são enviados a Woodstock para descobrir quem esta traficando um nova droga, droga esta que foi manufaturada por alienígenas. Enquanto isso, o cientista Carl Sagan alerta o Capitão Bach que uma gigantesca nave espacial se aproxima da Terra. Bach acredita que seja o início de uma invasão alienígena e planeja uma nova missão para enviar Loengard, ele só não sabe que a invasão já começou...
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